Sekolah Menengah Atas Negeri Kelubagolit didirikan tahun 2012 tepatnya 10 Juli 2012. Pada tanggal 4 September 2012 SMAS Kelubagolit memperoleh Ijin Operasiona melalui Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Flores Timur dengan nomor 177/2012
SMA Negeri Kelubagolit, didirikan atas inisiatif kepala desa, tokoh masyarakat se-wilayah kecamatan Kelubagolit untuk membantu putra puteri kebanggaan kecamatan Kelubagolit memperoleh kesempatan mengenyam pendidikan pada tingkat lanjutan atas.
Pendekatan pelayanan pendidikan ini terbukti sangat membantu orang tua wali perserta didik yang sebagian besar memiliki penghasilan yang masih kurang mencukupi. Atas dukungan dari semua pihak dan restu leluhur lewotanah Sekolah Menengah Atas Kelubagolit, kemudian dialihkan statusnya menjadi Sekolah Menengah Atas Negeri yang disahkan oleh Bupati Flores Timur waktu itu Yoseph Lagadoni Herin, pada tanggal 03 Oktober 2014 melalui Surat Keputusan Pengalihan Status Sekolah Menengah Atas Swasta Kelubagolit menjadi Sekolah Menengah Atas Negeri Kelubagolit dengan nomor 219 Tahun 2014.
SMA Negeri Kelubagolit berhasil membantu peserta didik untuk menamatkan pendidikan pada jenjang Sekolah Menengah Atas sebanyak 466 siswa. yang tentunya telah mengikuti Ujian Sekolah dan Ujian Nasional berdasarkan Standal Operasional Prosedur Pelaksanaan Ujian Sekolah dan Ujian Nasional sejak Tahun Pelajaran 2014/2015 hingga Tahun Pelajaran 2017/2018
Antusiasme masyarakat sekitar Kecamatan Kelubagolit telah membawa SMA Negeri Kelubagolit pada jumlah murid yang mencapai angka 417 siswa. Hal ini memberikan harapan dan semangat baru bagi SMA Negeri Kelubagolit dalam berkompetisi di Dunia Pendidikan Tanah Air. Dari istana sederhana ini, dan atas dukungan Lewotana serta restu Yang Mahakuaa diharapkan SMA Negeri Kelubagolit kita tercinta mampu menciptakan pahlawan-pahlawan utama yang akan menjadi garam serta terang bagi kemajuan Lewotana, bangsa dan Negara.
Kini SMA Kelubagolit memiliki 4 rombongan belajar di tingkat X. dan 3 rombongan belajar di tingkat XI, dengan tiga Peminatan Bidang Studi yakni Sains dan Matematika. Ilmu Sosial serta Peminatan Bahasa. Kegiatan Ekstrakurikuler yang mampu membangun karakteristik siswa menjadi pribadi yang berilmu dan berakhlak mulia, yang menjadi kebanggaan Lewotana di tingkat Kabupaten, Propinsi Nasional maupun Internasional suatu saat nanti
Ilmu Pengetahuan adalah modal utama yang harus dibekali kepada setiap generasi muda sebagai tulang punggung Negara Republik Indonesia kita tercinta ini . Dari hati yang tulus, niat yang mulia untuk membangun SMA Negeri Kelubagolit kita tercinta, kami menggundang lulusan SMP, MTS, atau sederajat lainnya untuk bergabung di keluarga besar SMA Kelubagolit Tahun Pelajaran 2014/2015
